Vi possono essere tipi di coesistenza tra windows e linux: installare entrambi i sistemi operativi su partizioni diverse e scegliere, tramite grub, quello da avviare; Usare una virtual machine ed infine installare su windows il Wubi. 
Wubi non modifica il sistema e non crea partizioni per ospitare il nuovo sistema operativo. Difatti tutto si basa su un disco virtuale creato all'interno dello stesso file system di Windows. Il resto dell'hardware non è emulato come in una virtual machine e questo permette ad esempio di poter usufruire di accelerazione 3D.
L'unica modifica apportata al sistema è un aggiornamento del bootloader in modo che all'avvio del PC l'utente possa scegliere se avviare Windows oppure Ubuntu; in pratica al bootloader originale fornito da Windows viene ad affiancarsi Grub come bootloader secondario.
L'installazione che si ottiene è un set-up di dual boot identico a quello di una installazione di Ubuntu da CD, con possibilità di salvare i cambiamenti, accedere ad i files di Windows, installare nuovo software ed aggiornare il sistema operativo.
La rimozione del sistema operativo è anch'essa facilitata, infatti avviene tramite il pannello di Installazione Applicazioni di Microsoft Windows come se fosse una normale applicazione.
Il programma è nato come un progetto indipendente guidato da Agostino Russo. La prima versione è stata la 7.04; successivamente Wubi è stato incorporato in Ubuntu 8.04 diventando un installer ufficiale di Ubuntu.
I programmatori stanno lavorando ad un programma che permetta agli utenti di spostare una installazione di Wubi da disco virtuale ad una partizione dedicata.
Vantaggi
* Wubi non richiede di masterizzare un CD. Wubi scarica automaticamente l'ISO file necessario. Tuttavia se un CD è disponibile, verrà rilevato automaticamente in fase di installazione.
* Wubi non modifica le partizioni del computer, non sostituisce il bootloader e non sovrascrive il MBR.
* Wubi può essere disinstallato come un normale applicativo dal pannello di controllo di Windows.
* A differenza del live CD, il file system è accessibile in lettura e scrittura, quindi è possibile salvare i cambiamenti. Inoltre, utilizzando il disco rigido invece del CD, le operazioni di lettura risultano velocizzate.
Rispetto a una macchina virtuale
Ci sono dei vantaggi anche rispetto all'utilizzo di una macchina virtuale, in quanto vi è pieno accesso a tutto l'hardware, quindi le prestazioni sono migliori ed è anche possibile usufruire del desktop 3D di Ubuntu, Compiz.
Limitazioni
* L'attuale implementazione, benché estremamente comoda per un novizio, riduce leggermente le prestazioni di I/O e non permette di ibernare il PC. In particolare, poiché il disco virtuale risiede all'interno del file system di Windows, qualora quest'ultimo fosse eccessivamente frammentato le performance di Ubuntu ne risentirebbero.
* Inoltre non è al momento disponibile in Linux un programma per effettuare la riparazione di NTFS. Qualora NTFS dovesse diventare corrotto (cosa che può capitare in seguito ad una perdita improvvisa dell'alimentazione), diventa necessario riavviare Windows ed utilizzare chkdsk prima di poter avviare nuovamente Ubuntu.
* I programmi che permettono di allargare il disco virtuale o di migrare Wubi su partizione dedicata sono ancora in fase sperimentale.
Rispetto a una macchina virtuale
Gli svantaggi di Wubi rispetto ad un VM (macchina virtuale) sono:
* Un VM può essere avviato all'interno di Windows mentre con Wubi si ottiene un menu di avvio in modalità dual boot (simile a quello di una installazione da CD), per cui è necessario riavviare il computer per poter selezionare il sistema operativo.
* Un VM utilizza un hardware emulato che non presenta problemi di drivers, mentre Wubi utilizza l'hardware fisico, che è un metodo molto più efficiente ma che, per funzionare, ha bisogno che l'hardware stesso sia ben supportato da Ubuntu/Linux (il problema non è specifico di Wubi).
Fonte: Wikipedia
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